自《农民专业合作社法》实施以来，全国农民专业合作社呈规出发展速度快、覆盖范围广等良好态势，对促进现代农业发展和新农村建设起到了十分重要作用，但同时暴露出一些不容忽视的棘手问题，亟待对农民专业合作社管理予以完善。湖北秭归调查显示，当前农民专业合作社除存在办社起点低、内部管理不规范、利益眹结不紧密、带动作用不明显等问题外，在处理与村委会、农业企业、社员之间的关系方面矛盾尤为突出。一是一村之内存在多个职能相同或不同的合作社，都争取到了不同渠道的项目支持，都有自己相应的社员基础，但由于项目实施各自为政，于是全村统一规划和发展遭遇障碍，造成村委会与合作社之间矛盾。二是农民专业合作社基本享有企业同等权利，同时不具备履行企业相应义务和管理，于是有少量农业企业钻政策空子，有意识将企业办停、办垮，再重新组织农民专业合作社达到既能生产经营又逃避了企业相应义务和管理之目的，出现了农业企业与农民专业合作社之间矛盾。三是目前相当数量农民专业合作社在空壳运作，一旦失去政策支撑，完全走市场化道路，结果就是被淘汰，将引起合作社与社员之间的经济利益冲突，带来相应的社会问题。

　　为此，完善农民专业合作社管理迫在眉睫，势在必行。湖北秭归委员建议：

　　一是开展《农民合作经济组织法》执法检查和深入贯彻落实《中共中央、国务院关于推进社会主义新农村建设的若干意见》宣传活动。妥善处理农民专业合作社与村委会、农业企业、社员之间矛盾。

　　二是建立完善严格的农民专业合作社准入机制。深入调查研究，结合地方实际，制定各地相应的准入资格和标准。

　　三要建立完善有效的农民专业合作社利益机制。充分利用农民专业合作社组织优势，技术优势，通过合同方式实现农业龙头企业与农民专业合作社的对接，使合作社成员成为最大受益者。

　　四是建立完善可行的农民专业合作社风险保障机制。积极应对市场风险和生产风险挑战。合作社要为社员及时提供生产加工技术指导，制订生产技术、操作规程和产品质量标准，统一采购合格的农用物资，降低生产成本，组织集中销售。

　　五是建立完善农民专业合作社监督机制。社会监督。主要是政府有关职能部门监督合作经济组织是否按照国家的法律、法规从事经营及社会活动，农村经营管理部门要对其经营情况进行监督检查。内部监督。主要是充分发挥监事会和农民会员监督小组的监督作用，让每一位社员变成经营者和监督人，实行财务公开、会务公开，让农村专业合作社的经营活动民主、公正、公开、透明。