《农民专业合作社法》颁布以来，我国农民专业合作社呈现加速发展态势，但是面临的问题也日益凸现出来。农民专业合作社的治理机制规范化发展以及政府与合作社的关系这两大问题既是合作经济的理论问题，也是合作社的实践问题。正确处理好这两个问题直接关系到农村合作事业的健康、可持续发展。

　　正确理解合作社的本质属性是解决这两个问题的基石。《农民专业合作社法》对专业合作社的定位是在家庭承包经营基础上同类农产品的生产经营者、或者同类农业生产经营服务的提供者和利用者自愿联合、民主管理的互助性经济组织。

　　我国专业合作社这一组织应该是个体的、小生产经营者的联合体，从事同类农产品生产经营、有着共同的需要、存在着共同的问题，这也就要求合作社的所有者与使用者同一。这就把合作社与私人企业之间的区别明朗化了。

　　我们所说的合作社是为使用者也就是社员服务，而不是为投资者服务。同时，社员在合作社中扮演着多种角色;作为客户，社员以相对优惠的价格从合作社中购买投入品、或者得贷款、或享受各种服务。另外，通过联合的力量，来对外谈判，强化自己的市场地位，以较有利的价格销售个人的农产品;最为惠顾者，社员按照使用合作社服务的数量获得惠顾金返还、分享合作社的净收益;作为所有者，社员通过各种方式向合作注入资本;作为控制者，社员以民主的基本方式参与合作社的各项重大决策事项。

　　当前存在的公司领办合作社，是否为真正的合作社?公司与农户是狼羊关系，还是领头羊关系?最主要还是看公司与农户可否形成利益共同体，社员是公司的原料部还是相互依存的平等合作伙伴。

　　另外，我国《农民专业合作社法》的立法基本定位是一部市场主体法，也是一部促进法。它明确了政府与合作社之间的关系。《年专业合作社法》第八条规定：国家通过财政支持、税收优惠和金融、科技、人才的扶持以及产业政策引导等措施，促进农民专业合作社的发展。第九条：县级以上各级人民政府应当组织农业行政主管部门和其他有关部门及有关组织，依照本法规定，依据各自职责，对农民专业合作社的建设和发展给予指导、扶持和服务。

　　政府部门职能的发挥总结起来就是指导、扶持和服务。现在，政府在科技、人才、信息、技术等方面都出台了相关的扶持政策，基本上涵盖了农业发展过程中所涉及的一切元素，扶持内容比较完善。

　　而在政府部门众多的只能中，最核心的应该是服务职能，应该建立合作社的支持性服务系统。其中包括：注册登记服务——一站式服务;人力资源服务——理事长、经营、财会人才培养;融资服务——担保、贴息;会计与审计服务——建起财务服务——协调与外部各部门的关系，如土地、税务、工商、信贷、科技等;技术与创新的咨询服务——技术培训、产学研基地;法律与税务服务——维护合作社的经济权益;营销支持服务——免费广告、联系营销商。

　　另外，在合作社的发展中政府面临的最大的挑战就是如何提升农民合作组织的自助能力，培养合作社的自活能力，让农民组织起来，而不是把农民组织起来。