既定的外部制度框架决定了目前中国的政府(主要是各级地方政府)与合作组织之间的干预和被干预、保护与被保护的关系。而我国农民群众的教育水平、文化素质状况以及“官本位”的行政管理体制的弊端又导致合作社优秀领导人的阙如。在我国当前这一特定阶段，即市场体制不健全、要素市场不完善、法律基础阙如的情况下，对合作社来说，寻求各级政府及有关部门的支持和保护，不失为一种理性的选择。对各级政府及有关部门来说，倡导与支持(干预)合作社的发展，甚至自己动手来办类似合作社这样的农村经济组织，也并不单单是出于意识形态的考虑，这里边亦有经济利益的驱动。政府与农村合作组织之间关系的现状更多的是双方从经济利益角度进行理性选择所达成的交易。但应注意的是，自上而下，政府有关部门主导办合作社，固然快捷、效率似乎也高，但如果政府部门的干预扼杀了合作社的自主性和生命力，最终合作社很难做到可持续发展。回顾发展中国家合作运动的历史，政府的不当干预是许多国家合作运动溃败的根源，这方面的教训必须记取。