随着新农村建设战略的不断推进，农产品专业合作社，这个新型经济组织的发展和走势，越来越多地受到关注。对此，税务机关如何发挥税收职能，强化政策扶持，切实落实好涉农税收优惠政策，促进合作社的健康发展，是税务机关当前着眼研究的重要课题。合作社的管理既要遵循其所固有的共性，又要适应其生产经营的特性。如何促进合作社健康发展，应从以下四方面做好文章。

　　一是规范财务会计核算。针对合作社的特点，按照会计制度有关规定，建立健全相关账册，规范财务核算。一是要建章立制。合作社应按财务会计制度进行建章立制，准确核算本社所发生的股本、收入、成本、费用、税金等，并单独核算应税、免税项目的销售收入及减免税额；二是要做好成本核算。合作社加工农产品前可预支部分成本款，作为合作社的成本，按规定在年终分红时进行扣除；三是要做好年终分配。合作社根据本社实际享受到的减免税款，年终必须进行二次分配，保障股农的切身利益。在年终分配时，应按股农入股土地面积或农产品收购数量全额分配给股农，并在农村股份合作社年终分红明细中反映，所分红利必须全部通过银行卡支付，不得以现金形式发放。

　　二是严格落实税收优惠。从保障农民切身利益高度出发，把好重点环节，将税收优惠政策落到实处。一是把好享受免税资格认定环节。按照《江苏省国家税务局流转税税收优惠管理办法免税资格的认定管理》规定，重点加强优惠备案资料的核实工作，重点在“备案资料是否齐全、合法、有效”、“税收优惠条件是否符合规定”、“复印件与原件是否一致”等环节。协同有关政府部门，建立健全《入股股农花名册》及电子台帐，规范认定、执行、年审等工作；二是把好税收征免界定环节。通过有效税源监控的过程，建立健全《入股股农上交农产品数量明细账》及电子台帐和《农产品销售明细账》及电子台账，在此基础上，强化对原始凭证、记账凭证、明细分类账、账务报表等资料的审核，以此严把征免关，防范税收风险；三是把好兑现政策事后监管环节。规范专业合作社会计核算，在建立健全《减免税款分配台帐》的基础上，税务机关应细化管理内容，对依法享受到的减免税款，实施跟踪管理，督促其做好年终分配，并健全分配使用报告制度，让优惠政策真正落到股农身上。四是强化日常税收征管。合作社是发挥原产地优势、提高农产品知名度、增加农民经济收入、实现共同富裕的一种比较好的合作经济组织。对此，税务机关要从扶持合作社发展出发，从规范税收管理入手，不断完善适应市场运作机制的税收管理办法，切实把各项政策措施落到实处。一是建立健全管理台帐。通过地方政府牵头，部门配合，进一步摸清现有合作社规模并建立台帐，如实反映农户入股的基础数据，包括入股户数和流动资金及现有固定资产等。合作社应向入股农户发放股权证，作为农户参股依据，年内不能随意调整入股农户数，如股本发生变化，合作社应于股本发生变化之日起15日内，报告主管税务机关，经主管税务机关调查核实后，及时维护相关台帐；二是严格执行优惠政策。要求合作社必须对入股农户按年建立花名册，详细记载股农的相关信息，并报主管税务机关备案，未经备案的合作社不得享受税收优惠政策。对合作社自产自销农产品实行“总量控制”办法，超出部分按规定征税；三是发挥管理软件作用。对合作社的农产品确立相应的监控指标，利用管理软件，建立数据库，对每月申报免税农产品销售数量、入股农户的核定年产量实施日常监控比对。

　　四是不断完善管理办法。目前的多数合作社是一种粗放型、收购型的经济合作组织，从粗放型、收购型向精细型、基地型方式转变，还需要建立一套更为完善的管理办法，才能使其健康发展。一是要加强部门之间沟通。税务部门应积极与农业主管部门、工商行政管理部门等各级政府部门加强沟通联系，广泛宣传，认真搞好政策引导、教育培训、经验总结，并利用政策导向，不断增强广大股农参与管理合作社的意识，以此加速合作社上规模、上档次，实现集约化经营，促进小生产与大市场的对接；二是要做好税收政策辅导。作为税务部门，应从树立服务地方经济发展，建立有序税收征管的全局观念着手，突出贯彻落实涉农税收优惠政策，加强依法纳税的宣传辅导工作，让合作社明晰征免界限，使税收优惠政策真正落到实处。三是要加大政策扶持力度。针对合作社的特殊性，建议上级部门在税收政策上给予倾斜。同时可制定一个兼顾农民专业合作社会计制度和小企业会计制度的补充办法，切实解决执行行业会计制度与税务机关取数要求不一致的矛盾。