在国际合作社运动中，合作社几乎“先天”地与政府有着纠缠不清的关系。目前，无论国际合作经济学界或是国际合作社联盟，都积极倡导政府与合作社形成有效的合作伙伴关系。

　　作为一种政府主导型制度创新，我国农民合作社从一开始就与政府衍生出十分复杂的联系。近年来，政府对农民合作社发展期望日重，介入颇深，影响甚大。各级政府部门(包括相关立法机构)在农民合作社发展中往往扮演如下角色：(1)合作社的法律、行政和政治合法性的赋予者；(2)鼓励和支持合作社发展的公共财政扶持者；(3)合作社发展的战略指导者；(4)相关公共服务的提供者；(5)有时，一些基层政府甚至可能承担类似准合作社企业家的角色，较为直接地介入合作社的具体运营。

　　总体上，目前我国各级政府或多或少地表现出行政介入不当与制度供给不足的不协调状况。

　　有别于西方国家以宽松的政策环境支持合作社发展，我国各级政府更多地采取行政介入方式，而且比较普遍地存在着行政介入不当的问题。或者是行政介入过多，力度过大，没有很好尊重农民意愿；或者是由政府推动组建以后就无暇顾及，使其处于松散状态，难以发挥应有作用；或者是不加干预也不加扶持，因其民办而任其自生自灭。政府行政介入对农民合作社的负面影响，突出反映在对“民办、民管、民受益”原则的扭曲上。实际上，不少地方政府一开始就是把合作社视为一个中小型乡镇企业，当作一个可以带动当地农村经济发展的主体，而对其民主管理、文化内涵关注很少；换言之，他们更关注合作社对农民的带动性，而不是合作社运作的规范性。

　　与一些政府部门行政介入不当并存的，则是政府有关合作社发展环境的制度供给不足。随着农民合作社的迅猛发展，合作社对于政府制度供给的需求已从内部的治理制度方面逐步转为外部的治理环境上，政府制度供给恰恰在这方面更显不足。从世界各国合作社发展的轨迹来看，合作社所节约的交易费用，往往不仅来自于内部契约制度的创新，更多的还来自于外部其他制度安排，例如，规范的合作社法律、税收、信贷、市场准入等制度体系。目前，我国恰恰在这些方面缺少相应的制度供给，或者即便存在制度供给也难以落实，这在一定程度上也促使我国农民合作社处于一种“有量无质”的“虚胖”局面。

　　因此，要建构合理的政府与农民合作社的关系。

　　一方面，各级政府应一如既往地给予合作社以热情的鼓励、恰当的指导和有力的扶持。另一方面，政府作为外部推动力，只能加快或延缓合作社发展的进程，不可能从根本上改变合作社自身发展的规律。因此，政府扶持一定要恰如其分，即政府扶持的最终目标是使合作社走上自助、自主、自强的持续发展之路。

　　基于我国农村社会经济发展的历史现实，特别是在合作社企业家供给短缺、农民缺乏合作社制度认知、合作社发展存在诸多不规范不合意现象的实际环境下，政府组织的介入与影响(特别是在合作社发展初期)是可以理解的，甚至也是必需的，而且可以预见，在今后一段时期内，政府在农民合作社发展中发挥主导作用的状况将不会有较大的改变。因此，未来农民合作社发展的核心问题在很大程度上就转化为政府的制度供给定位问题，即如何建构合作社自治与政府规制的合理平衡的问题。