当前农产品加工业与农村一二三产业融合发展面临千载难逢的历史机遇，但同时也应该看到，我国农村一二三产业融合还处于初级发展阶段，仍然面临一些发展瓶颈及体制机制障碍。主要包括：

　　一是产业联结机制尚不健全。一二产业联动中，农产品加工企业与农户的联结程度有待增强，大部分企业与农民之间的利益联结机制尚未建立，企业与农业基地对接不够，带动本地农民增收的作用不明显。而以休闲农业为代表的三产与农民的利益连接机制更为薄弱。一些地方出现了企业拿走更多产业利润，农户仍然以初级农产品销售为主，难以更多分享二、三产业利润，从而影响农民生产积极性，成为制约休闲农业发展的“瓶颈”。

　　二是土地、金融政策环境存在约束。首先，农村土地经营管理制度不完善，限制了经营主体追求长期发展目标。一方面，承包有效期迫近导致土地流转有效时期缩短，经营主体出于对土地政策的不确定性以及条文的制约，无法长期转入土地。另一方面，土地流转市场价格形成机制复杂，缺乏制度性约束，导致土地租金持续快速上升。其次，融资贷款制度不灵活，制约了经营主体的运营与扩张。以农产品加工企业为例，农业生产具有季节性，企业对于农产品收购也相应具有季节性，往往需在一两个月内集中完成收购全年所需原料。金融机构缺少合理的借贷途径满足加工企业短期流动性需求，限制了加工企业资金周转能力，制约了生产经营能力的发挥，及其在带动融合发展中的作用。

　　三是农业电子商务盈利机制不成熟。其一，电商平台运营成本大。参与平台需缴纳一定的管理使用费用，每年企业需参与多种形式的馈赠让利活动，实为变相竞价，加重了运营管理成本，使小规模农业企业望而却步。其二，电商平台管理不规范。刷单刷排名竞价等不良行为加剧了恶性竞争，使参与企业面临较高的市场风险。其三，托管主体水平层次不齐。行业监管不力，托管主体鱼龙混杂，导致托管运营存在欺诈现象，增加了企业经营风险。其四，自建网站实力弱。自建网站虽可以最大限度节约企业商业成本，但缺少专业管理团队，对互联网知识技术缺乏了解，导致企业进入门槛较高，运营效率差。目前电商经营对于企业经销的广告宣传意义普遍大于实际贩售作用，借助线上宣传带动线下传统渠道销售是目前很多企业的唯一战略选择。

　　四是融合发展依附性强。其一，融合发展对资源禀赋依附性强。存在某种农业资源禀赋上的比较优势，是农村地区能否实现经济发展的基础，而多种融合模式仅是发挥比较优势的媒介。缺乏特色农业资源禀赋的农村地区往往融合发展也难以成功，陷入“富者愈富，穷者愈穷”的陷阱。农业大县在融合发展破题关键在于如何利用现有比较优势，在制度框架下转化形成有利于自身发展的产业新优势。其二，对财政项目支持依附性强。需要融合发展带动的区域，往往经济发展滞后，财政支持的依赖程度深，部分地区围绕政策支持已逐渐形成逆向选择，如：一个合作社挂多套牌子以套取财政扶持。传统的财政支持方式需要改变，需淡化财政直接支持，强化规则制定监管。其三，对区域发展规划依附性强。一方面，多种经营主体融合发展需要政府搭建平台，进行产业规划，进行协调统筹；另一方面，农业加工业集群、农业旅游发展往往需要交通通讯等基础设施先期投入，对社会化公共服务水平有一定要求。